Monumentos Históricos.
Arquitectónicos.
Puente de la Historia. Ubicado en Av. Benito Juárez Pte. frente al Panteón Municipal. Por su situación geográfica era paso obligado para la arriería y carreros que iban al Norte y Poniente de la Nueva España. Desde mediados del siglo XVII se le llamó “Garganta de Tierra Adentro”. Fue parada forzosa por ser aduana donde se cobraban las alcabalas de toda clase de mercancías, sobretodo del aguardiente, que era severamente inspeccionado. Las grandes avenidas del río era motivo de quejas por parte de los dueños de recuas, así como de comerciantes y viajeros, que les imposibilitaba seguir su camino mientras el río no bajara, estando obligados a pasar varios días en el pueblo, con los consiguientes gastos imprevistos. Gobernaba la Nueva España don Francisco Fernández de la Cueva, Duque de Albuquerque, Marqués de Cuellar, quien tomó en sus manos este grave problema. Ordenó al arquitecto español Pedro de Arrieta, la construcción de un puente para San Juan del Río, cuya construcción inició el 9 de Febrero de 1710 y se terminó el 23 de Enero de 1711, Gobernando la Nueva España don Fernando de Alencastre Noroña y Silva Duque de Linares Marqués Valdesfuentes.
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Puente de la historia.
Templo del Señor del Sacro Monte. Ubicado en Av. Juárez Ote. en el Jardín de la Familia. Iglesia que se comenzó a construir en terreno cedido por el Ayuntamiento de la Villa, con las copiosas limosnas de los fieles. El permiso para su construcción fue dado por el Gobernador del Estado el 4 de Agosto de 1826. Ahí se realizaron festividades religiosas el viernes 20 de Noviembre de 1831, con la bendición y dedicación del Templo. Al terminar los tres días de fiestas religiosas comenzaron seis días de fiestas profanas.
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Templo del Señor de Sacromonte o Santuario y jardín dedicado a la familia.
Templo y Exconvento de Santo Domingo. Ubicado en Av. Juárez y Zaragoza. La fundación del convento se hizo por despachos y licencias del Exmo. Sr. Virrey don Melchor Portocarrero Lasso de la Vega, Conde de Monclova, de fecha 26 de Enero de 1690, con el objeto de que los religiosos enfermos que misionaban la Sierra Gorda, pasaran a curarse a este convento, ya que Querétaro les quedaba más retirado. Dicho convento pertenecía a la Santa Provincia de Santiago de Predicadores, denominándose Convento de la preciosa Sangre de Nuestro Señor Jesucristo de San Juan del Río. La tarde del 6 de septiembre de 1823 llegaron las urnas fúnebres que contenían los cráneos de don Miguel Hidalgo y Costilla, Ignacio Allende, Mariano Jiménez, así como los restos de don francisco Javier Mina y Pedro Moreno, los cuales fueron velados en este convento. El convento es sencillo y está ocupado en la actualidad por la Presidencia Municipal.
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Templo del Sagrado Corazón.
Templo del Sagrado Corazón de Jesús. Ubicado frente a la Plaza de los Fundadores. La primer iglesia que hubo en el pueblo, se construyó en el predio que ocupa actualmente el templo del Sagrado Corazón, antes de San Juan Bautista de los españoles, después parroquia de los Naturales. Tenía su panteón hacia el Poniente, en lo que actualmente es Plaza de los Fundadores. En el siguiente siglo y hacia fines de él, se pidió tirar la iglesia, y no es sino hasta principios de 1700, cuando fue derribada hasta sus cimientos; ya que era pequeña y construida con tierra. El señor cura don Esteban García Rebollo, que no toleraba la discriminación racial, ya que se llamaba Parroquia de los Naturales, le consagró con el nombre con el que actualmente se le conoce.
Parroquia de San Juan Bautista. Ubicado frente a la Plaza Independencia. Los antecedentes a la construcción de la actual iglesia parroquial datan del 9 de mayo de 1689, donde el clero y los vecinos de San Juan del Río, se dirigieron al Virrey don Gaspar de la Cerda Sandoval Silva y Mendoza, Conde de Galve, con el objeto de obtener el permiso para su construcción. La edificación es de construcción neoclásica, elegante y de amplias líneas que la vuelven distinguida. A los indios se les doctrinaba y decía misa en una capilla techada con tejamanil que estaba en terrenos donde se construyó la parroquia de los españoles. Actualmente se venera a la Virgen de Guadalupe en su interior.
Plazas.
Plaza Independencia. Ubicada entre las calles de Hidalgo y Guerrero, Centro. Se ubica en el Centro de la Ciudad. En ella se levanta una columna, construida en honor a la Emperatriz Carlota. A la caída del imperio fue dedicada a la Independencia. Tiene una amplia lápida de mármol en la que ostenta la fecha de intervención ordenada por el Ayuntamiento de San Juan del Río y dice: “EL AYUNTAMIENTO EN HONOR A LA INDEPENDENCIA NACIONAL 1865”. La bendición de la fuente que se construyó alrededor del monumento a la Libertad fue el 19 de Marzo de 1887. En un principio la columna estaba adornada en su parte superior por un águila hecha de bronce, la cual fue destruida por un rayo.
Plaza de los Fundadores. Ubicada entre las calles de Hidalgo y 16 de Septiembre. En un principio formaba parte del templo del Sagrado Corazón, en el se encontraba ubicado el panteón. Posteriormente pasó a ser el Jardín Cosío y luego Jardín Porfirio Díaz; también se le llamó Jardín Madero y finalmente en el año de 1981, fue remodelado como actualmente lo conocemos, con su kiosco. En él se encuentra un monumento en honor a los fundadores de San Juan del Río.
Museos.
Museo de la Muerte, Panteón de la Santa Veracruz. Ubicado en la calle 2 de abril no. 42. A este museo se le llama “Museo de Sitio”, por que el edificio que le da cabida y sentido es el Cementerio de la Santa Veracruz. El proyecto para la construcción de este cementerio fue presentado por el Arquitecto Guadalupe Perrusquía y el Sr. Felícitas Osornio en 1853; al que el Instituto Nacional de Antropología e Historia rescató del abandono en 1981. El Museo de la Muerte inaugurado en 1997 tiene por objeto mostrar la importancia que el ser humano le da al acto de morir. Las maneras han cambiado y hoy presenta algunos rituales que los mexicanos realizan a lo largo de su historia. Ahí se pueden conocer algunos antecedentes de cómo se ritualizaba a los habitantes muertos de estas tierras antes de que llegaran los españoles a conquistarlas.
Sala Museográfica Ixtachichimecapan. Av. Juárez a un costado del Templo del Sacromonte. Ubicado dentro de las instalaciones del edificio del Centro Histórico, en él se observan diferentes piezas arqueológicas que muestran las diferentes etapas de ocupación que se tuvieron durante la época Prehispánica en San Juan del Río. El edificio que alberga a este Museo es una casona construida en el siglo XVIII, antigua Cárcel y Prefectura Municipal; ahora rescatada como un atractivo turístico y cultural, donde se integran diferentes áreas para la difusión de la cultura, el Archivo Histórico Municipal, la Biblioteca Pública “Juan María Wenceslao Sánchez de la Barquera y Morales”, la Librería “Dr. Rafael Ayala Echavarri”, Galería, y un Patio de usos Múltiples.